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张红雨

姓名

张红雨

性别

职称

教授

学位

博士

电话

027-87285085

邮箱

zhy630@mail.hzau.edu.cn

政治面貌

无党派

工作单位

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研究方向

生物信息学、行星生物学

教育经历

1988.09-1992.07 山东大学生物系 理学学士

1992.08-1997.01 中国科学院生物物理研究所 理学博士

主要职历

1997.02-1998.10 山东师范大学生命科学学院 讲师

1998.11-2000.06 山东师范大学生命科学学院 教授

2000.07-2009.01 山东理工大学生命科学学院 教授、博导

2009.02-2014.06 威斯尼斯人娱乐官方网址生命科学技术学院 教授、博导

2014.07至今 威斯尼斯人官方娱乐网站 院长(农业生物信息湖北省重点实验室主任)

科研成果

团队致力于揭示生命起源进化机制,促进生物技术和人工智能技术研发赋能生命健康产业相关成果在国际期刊发表SCI论文200余篇,谷歌学术引用10000余次,h-指数50SCI他引5000余次。论文入选ESI Top 1%论文、Faculty of 1000 BiologyScienceDirect Top 25 热点论文。取得的主要成果如下:

l 系统进化:从系统化学角度,揭示了生命系统进化的环境偶联循环原理,并将该原理用于人工智能算法开发(Ji et al. 2007; Ji et al. 2009a; Wang et al. 2011; Zhu et al. 2011; Jiang et al. 2012; Kim et al. 2012; Chu & Zhang 2020

l 进化医学:将进化生物学的概念和方法引入医学领域,与人工智能技术相结合,指导了生物标志物、靶标和药物发现(Ji et al. 2009b; Zhang et al. 2010; Wang and Zhang 2013; Quan et al. 2018Lv et al. 2021)。

l 行星健康:践行“对人类和地球都健康”理念,构建生态农业和生物安全数据治理体系,建立相关技术标准,助力实现行星健康。


代表性论文:

l Lv B.-M., Quan Y., Zhang H.-Y.* (2021) Causal inference in microbiome medicine: principles and applications. Trends Microbiol. 29: 736-746.

l Chu X.-Y., Zhang H.-Y.* (2020) Cofactors as molecular fossils to trace the origin and evolution of proteins. ChemBioChem 21: 3161-3168.

l Quan Y., Wang Z.-Y., Chu X.-Y., Zhang H.-Y.* (2018) Evolutionary and genetic features of drug targets. Med. Res. Rev. 38: 1536-1549.

l Xie T., Yang Q.-Y., Wang X.-T., McLysaght A.*, Zhang H.-Y.* (2016) Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage-balance.Mol. Biol. Evol. 33: 2368-2375.

l Wang Z.-Y., Zhang H.-Y.* (2013) Rational drug repositioning by medical genetics. Nat. Biotechnol. 31: 1080-1082.

l Jiang Y.-Y., Kong D.-X., Qin T., Li X., Caetano-Anollés G., Zhang H.-Y.* (2012) The impact of oxygen on metabolic evolution: a chemoinformatic investigation. PLoS Comput. Biol. 8: e1002426.

l Kim K. M., Qin T., Jiang Y.-Y., Chen L.-L., Xiong M., Caetano-Anollés D., Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2012) Protein domain structure uncovers the origin of aerobic metabolism and the rise of planetary oxygen. Structure 20: 67-76. (Preview: Saito, M. A. Structure 2012, 20: 1-2) (Featured by Science News: http://news.sciencemag.org/sciencenow/2012/01/the-first-oxygen-users.html)

l Wang M., Jiang Y.-Y., Kim K. M., Qu G., Ji H.-F., Mittenthal J. E., Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2011) A universal molecular clock of protein folds and its power in tracing the early history of aerobic metabolism and planet oxygenation. Mol. Biol. Evol. 28: 567-582.

l Zhu Q., Qin T., Jiang Y.-Y., Ji C., Kong D.-X., Ma B.-G., Zhang H.-Y.* (2011) Chemical basis of metabolic network organization. PLoS Comput. Biol. 7: e1002214.

l Zhang H.-Y.*, Chen L.-L., Li, X.-J., Zhang J. (2010) Evolutionary inspirations for drug discovery. Trends Pharmacol. Sci. 31: 443-448.

l Ji H.-F., Chen L., Jiang Y.-Y., Zhang H.-Y.* (2009a) Evolutionary formation of new protein folds is linked to metallic cofactor recruitment. BioEssays 31: 975-980.

l Ji H.-F., Li X.-J., Zhang H.-Y.* (2009b) Natural products and drug discovery. EMBO Rep. 10: 194-200.

l Ji H.-F., Kong D.-X., Shen L., Chen L.-L., Ma B.-G., Zhang H.-Y.* (2007) Distribution patterns of small-molecule ligands in the protein universe and implications for origin of life and drug discovery. Genome Biol. 8: R176.


授权专利:

l 张红雨, 康寿凯. 一种测定转录调控复合体的方法(专利号:ZL201510105225.8

l 张红雨, 杨庆勇, 全源, 罗志辉, 朱丽达. 多靶标药物和/或组合药物的筛选方法(专利号:ZL201510288863.8;欧洲专利:3306503;英国、法国、德国、瑞士专利)

l 张红雨, 朱丽达, 罗志辉, 全源, 朱强, 杨庆勇. 一种基于机器学习的药物活性预测方法(专利号:ZL201610067573.5

l 张红雨, 周雄辉, 全源, 崔泽嘉, 杨庆勇. 一种个性化用药的系统药理学方法(专利号:ZL201710046416.0;美国专利: 15/876,194

l 张红雨, 全源, 王晖, 朱丽达, 许璇, 杨庆勇, 黄清. 一种基于热扩散网络的药物发现方法及其应用(专利号:ZL201710917312.2

l 张红雨, 全源, 王晖, 朱丽达, 许璇, 杨庆勇, 黄清. 一种药物活性的预测方法及其应用(专利号:ZL201710769899.7

l 张红雨, 褚欣奕, 许璇, 吕博敏, 张青叶, 黄清. Nrf2激动剂在制备治疗银屑病的药物中的应用(专利号:ZL201711323296.0

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 一种药物组合物及其在制备治疗黄病毒属病毒感染的药物中的应用(专利号:ZL201711442237.5

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 20S蛋白酶体抑制剂在制备治疗日本乙型脑炎病毒感染的药物中的用途(专利号:ZL201711439804.1

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 卡马西平在制备治疗黄病毒属病毒感染的药物中的应用(专利号:ZL201810039105.6

l 张红雨, 吕博敏, 全源, 张青叶, 黄清. 一种含有卡马西平和生物素的药物组合物及其应用(专利号:ZL201810039104.1

l 张红雨, 崔泽嘉, 黄清. 一种基于表观基因组的药物发现方法(专利号:ZL201811361839.2

l 张红雨, 高敏, 张青叶, 吕博敏, 黄清. 一种化合物及其制备方法与应用(专利号:ZL201910655894.0


主持国家自然科学基金7项:

l 磷酸盐促进代谢网络起源的系统生物学研究(31870837

l bZIP超家族转录因子祖先重建及演化机制研究(31670779

l mRNA展示技术研究蛋白质相互作用起源(31370776

l 细菌代谢物浓度的化学信息学预测及在新型杀菌剂发现中的应用(21173092

l mRNA展示技术研究原始蛋白结构起源(30870520

l 细胞型朊病毒蛋白错误折叠机理的理论研究(30570383

l 朊病毒(prion)抗氧化与促氧化作用的分子机理(30100035


主持、参与973课题3项:

l 微生物药物创新与优产的人工合成体系(2012CB721000)(主持第二课题:生物元件、路径和网络的模拟与设计(2012CB721002))

l 分子靶标导向的绿色化学农药创新研究(2010CB126100

l 绿色化学农药先导结构及作用靶标的发现与研究(2003CB114400


主持湖北省技术创新专项(重大项目)1

l 基于系统遗传学的抗猪乙型脑炎病毒药物的研制(2018ABA107


主持湖北省自然科学基金重点项目1项:

l 基于组学的新药发现技术(2013CFA016


主持湖北省科技创新基地(平台)专项项目3项:

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设(2021DFA014

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设(2020DFA007

l 农业生物信息湖北省重点实验室建设(2018BFC359

参与国家重点研发计划项目1项:

农业生物药物分子靶标发现与绿色药物分子设计(2017YFD0200506



备注

l 2021年获评湖北省有突出贡献中青年专家。

l 2021年获湖北省委统战部百年华诞·最美统战人荣誉称号。

l 2018年入选3551光谷人才计划。

l 2018年获得湖北省高等学校教学成果三等奖(第一完成人)。

l 2013年作为团队带头人入选湖北省自然科学基金创新群体。

l 2012年入选湖北省高端人才引领培养计划

    l 2011年获得教育部自然科学二等奖(第一完成人)。

    l 2005年获得中国化学会青年化学奖。

    l 1999年获得第三届中国药理学会Servier奖。


主要兼职:

  湖北省生物信息学会理事长、中国生物信息学学会(筹)理事(农林信息学专业委员会副主任委员)、中国空间科学学会理事(空间生命起源与进化专业委员会副主任委员)、中国计算机学会(CCF)数字农业分会副主任委员、中国生物化学与分子生物学会分子系统生物学专业委员会理事、国际电工委员会生物数字融合标准化评估组(IEC/SEG12)国内专家组成员、MetabolitesSCI收录)Frontiers in GeneticsSCI收录)Frontiers in Bioscience-LandmarkSCI收录)、Current BioinformaticsSCI收录)、Protein & Peptide LettersSCI收录)Current Computer-Aided Drug DesignSCI收录)Current Chinese Science国际期刊编委。