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史倩倩作“浅谈机器学习方法在单细胞转录组分析中的应用”报告

发布日期:2021-12-03 发表者:陈治国 浏览次数:



   (图文|李薪星  审核人|史倩倩)12月2日下午,威斯尼斯人官方娱乐网站2021年第22期的“Happy Hour”活动在逸夫楼C603会议室举行。威斯尼斯人官方娱乐网站史倩倩副教授作了“浅谈机器学习方法在单细胞转录组分析中的应用”的主题报告。交流会由威斯尼斯人官方娱乐网站李立教授主持,20余名师生积极参与,有序等待,在李立的介绍中,拉开了交流会的序幕。


   史倩倩首先介绍了单细胞转录组的测序技术与数据特性,然后介绍了经典的单细胞转录组下游分析的方法,包括SC3、SCENIC、SCANPY、Monocle2和Seurat3(CCA+MNN),重点分析了这些方法的主要原理、优点及应用等,并对几种方法进行了综合性的对比分析总结。随后史倩倩介绍了自己基于子空间分析的单细胞转录组新算法scDA(Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data)的应用,包括和其他聚类算法的比较、算法性能的探讨、算法跨样本预测的性能及算法多源数据处理的能力。最后史老师对单细胞转录组的一部分问题进行了总结与展望,包括单细胞转录组数据与Bulk数据的区别、单细胞与空间转录组数据的区别以及单细胞时空数据的分析问题等。


   报告结束,老师和同学们展开了激烈讨论。李立教授就单细胞转录组和空间转录组技术的区别及测序技术问题和史老师做了讨论,王玉龙教授就单细胞转录组数据特点和技术与深度学习的关联进行了讨论,冯在文副教授就单细胞转录组批次整合的数据和技术进行了讨论、牛晓辉副教授对单细胞转录组分析结果的评估问题以及细胞类型的标记基因进行了讨论,全源老师就单细胞与单细胞之间的细胞通讯问题进行了讨论、焦文标研究员对单细胞转录组数据的样本重复问题进行了讨论。最后,李立教授对报告内容和意义进行总结,本次Happy Hour活动在轻松愉快与收获满满氛围中结束。